加利利宣教中心位於台灣台南的玉井三埔地區。這裡多數是西拉雅族群的原鄉之地。也是台灣宣教最早的發源地。十六世紀中，荷蘭東印度公司及荷蘭人來到大員（台灣）從事貿易進而殖民統治台灣。荷蘭歸正教會也同時展開他們在台灣的宣教工作。當時他們的最主要宣教對象就是台灣的原住民（西拉雅族）。荷蘭歸正教會先後派了甘治士（Geogius Candidus）、尤羅伯（Robertus Junius）、花德烈（Jacobus Vertrecht）來大員傳福音。

      1630 年代中期，尤羅伯牧師在西拉雅族群地區宣教工作大有進展，信主耶穌的人相當多，甚覺傳道人的不足，缺乏許多牧養的福音工人。於是向東印度公司及荷蘭改革宗教會陳情，大員教會小會於1657年3月10日建議「要揀選福爾摩沙島中伶俐和聰明的青年，還有荷蘭人中資質好的士兵接受神學和語言的訓練，以便擔任教師或牧師來服事自己的同胞。」

後來，決議在蕭壠（佳里）設立第一間神學院，1659 年開始招生第一批學生就有30 人之多。他們一邊讀神學一邊參與傳福音牧養的工作，在西拉雅族群中得到福音果子的大豐收。三年後因鄭成功進攻大員，荷蘭人投降撤退，在鄭氏對教會的逼迫下，蕭壠神學院就停了。

      今天，加利利宣教神學院在玉井三埔創校，這部落的居民也大多是西拉雅族的後代，想起荷蘭在大員宣教400 年，又創立台灣第一間神學院，這種連結使我們激起宣教啟航的心志，意義非凡。

      1987年8月陳坤生牧師在埔里謝緯營地禁食祈禱，從神領受創設祈禱山的呼召異象，10月就找到了現在祈禱院的用地。神是信實的，祂預備了這靈修禱告的聖山。玉井教會張春貴長老曾告訴創辦人陳牧師說，三埔牛稠仔的部落中有基督徒居住，這地是玉井教會的前身。原來祈禱院的用地是宣教師在玉井宣教的起點，神的作為真是奇妙了，引導現在的營地繼續做為宣教靈修的基地。

      今日加利利宣教神學院的存在，實有其長遠的歷史淵源。1989 年4 月台南市教會牧長們，如民族路教會洪溫柔牧師、太平境教會張宗隆牧師等人，深覺教會牧師需要有團隊服事，使牧養的果效更好。於是研議新竹聖經書院在台南市區設立南部分院。在王英世院長的支持下開始招生，原本計畫在台南市授課，後來因新任的院長林瑞隆牧師無意承接此事工，於是神學教育遷至玉井加利利祈禱院。

       1993 年1 月18 日加利利祈禱院董事會決議，擴大事工機構更名為「加利利宣教中心」，屬下除有「加利利祈禱院」外，增加「加利利宣道學院」，增至二個單位。經過多年經營，於2002 年6 月更名為「加利利宣道研究院」，招收大專畢業生，繼續培育教會宣教人才。2008年4月董事會接納戴俊男博士所創立的台灣教牧心理研究院歸屬本中心，於是宣道研究院的學生併入台灣教牧心理研究院的道學碩士班，畢業的學生有的協助牧會，有的自行開拓教會。2019年4月戴俊男院長去世，經過一年，後繼者決定教牧心理研究院脫離本中心，回歸獨立運作。

      2020年4月加利利的同工有感開辦有使命宣教神學教育的重要性，隨即成立「加利利宣教神學院」，設有神學士班、宣教學碩士班、教牧學碩士班、宣教學博士班、教牧學博士班。招生狀況良好，於7月開始授課。後來，在2023年2月16日行政會議確認學校更名為「加利利宣教神學研究院」，簡稱「加宣院」。英文名稱為Galilee Graduate School of Mission and Theology，（簡稱GMT）。並增設「道學碩士班」學程，強化培育牧養和拓荒的宣教人才。2024年9月，為便於稱呼，且與一般神學院一致，又將本院名稱恢復為「加利利宣教神學院」。

      2023 年11 月本院向亞洲神學協會（ATA）申請認證程序，得接納為協會員，目前正積極準備認證，申請成為認證會員事宜，是本院未來發展另一新的旅程碑。